Quá trình thực hiện Chương trình xây dựng NTM tại 11 xã điểm sau hơn 3 năm xây dựng, đã rút ra 5 bài học chính như sau:
1. Tiến hành xây dựng NTM trên địa bàn xã, trước tiên phải làm tốt công tác tuyên truyền sâu rộng để nâng cao nhận thức trong cộng đồng dân cư về nội dung, phương pháp, cách làm, cơ chế chính sách của Nhà nước về xây dựng NTM... để cả hệ thống chính trị ở cơ sở và người dân hiểu rõ: (1) Đây là chương trình phát triển kinh tế - xã hội tổng thể, toàn diện, lâu dài trong nông thôn, không phải là một dự án đầu tư xây dựng cơ sở hạ tầng; (2) Xây dựng NTM phải do cộng đồng dân cư làm chủ, người dân phải là chủ, làm chủ; huy động nội lực là chính với sự hỗ trợ một phần của Nhà nước thì công cuộc xây dựng NTM mới thành công và bền vững.
2. Phải coi trọng công tác xây dựng và đào tạo đội ngũ cán bộ nòng cốt ở các cấp, nhất là đội ngũ cán bộ cơ sở.
Giai đoạn đầu bước vào thực hiện nhiệm vụ, đội ngũ cán bộ từ tỉnh đến xã đều lúng túng vì chưa được trang bị kiến thức về xây dựng NTM. Sau quá trình triển khai, họ đều thấy cần phải được trang bị những kiến thức cơ bản về xây dựng NTM như: Nội dung, trình tự các bước tiến hành, vai trò chủ thể và cách thức để người dân thực sự đóng vai trò chủ thể; phương pháp xây dựng đề án; phương pháp xây dựng và quản lý quy hoạch; cơ chế động viên nguồn lực, quản lý tài chính, quản lý xây dựng cơ bản trên địa bàn xã; thủ tục thanh quyết toán... Do đó, ngay khi bắt tay vào xây dựng NTM cần khẩn trương tập huấn, bồi dưỡng thật kỹ những nội dung trên cho đội ngũ cán bộ vận hành chương trình từ tỉnh đến huyện, nhất là cán bộ cơ sở.
3. Xây dựng NTM cấp xã phải có cách làm chủ động, sáng tạo, phù hợp với điều kiện và đặc điểm của xã, tránh rập khuôn, máy móc.
Kinh nghiệm từ 11 xã điểm đã khẳng định, xây dựng NTM phải dựa theo Bộ tiêu chí Quốc gia để định hướng hành động và là thước đo để đánh giá kết quả. Tuy nhiên, trong xây dựng đề án và chỉ đạo thực hiện, mỗi địa phương phải căn cứ vào đặc điểm, lợi thế và nhu cầu thiết thực của người dân để lựa chọn nội dung nào làm trước, nội dung nào làm sau, mức độ đến đâu cho phù hợp. Phải tạo điều kiện để mỗi địa phương tự chủ trong xác định nhu cầu thiết thực và việc phân bổ nguồn lực cũng tập trung ưu tiên hơn cho các nhu cầu thiết thực này.
4. Đa dạng hoá việc huy động nguồn lực để xây dựng NTM. Theo phương châm "Huy động nguồn lực từ cộng đồng là quyết định, sự tham gia của doanh nghiệp và xã hội là quan trọng, sự hỗ trợ từ ngân sách nhà nước là cần thiết". Thực tiễn cho thấy, với số vốn từ ngân sách T.Ư bố trí cho các xã điểm lúc đầu chiếm 11,9% (300 tỷ đồng), nhưng đã thúc đẩy ngân sách địa phương tham gia và huy động sự tham gia của vốn ngoài ngân sách tới 68,5%. Việc sử dụng nguồn lực vào các công trình công cộng phải được người dân bàn bạc dân chủ và thống nhất, có giám sát cộng đồng, đảm bảo công khai, minh bạch. Việc huy động nguồn lực trong dân theo nhiều hình thức: Đóng góp trực tiếp bằng công sức, tiền của vào các công trình cộng đồng, cải tạo nâng cấp nơi ở, công trình vệ sinh, cải tạo vườn, ao, sửa sang cổng ngõ.
5. Để xây dựng NTM, cần có sự tập trung chỉ đạo cụ thể, liên tục, đồng bộ và huy động được sự tham gia của cả hệ thống chính trị. Ban Chỉ đạo xây dựng NTM các cấp từ T.Ư, tỉnh, huyện, xã đều phải xây dựng chương trình và quy chế làm việc, phải phân công mỗi cá nhân, tập thể chịu trách nhiệm một loại việc và địa bàn cụ thể, tăng cường kiểm tra, sơ kết, tổng kết, thúc đẩy thực hiện chương trình. Ban Chỉ đạo phải thường xuyên kiểm điểm việc thực hiện nhiệm vụ đã giao đối với từng thành viên và các tổ chức đoàn thể.